相変わらずAnytypeを愛用しています。
Anytypeは更新が結構多く、仕様が大幅に変更されることも珍しくないというのもありますが、自分の理解が追いついていなかったり、知識不足のため気づいていなかったこともあるので、ちょっと書き出してみます。

• Any-BlockのProtobuf形式でエクスポートすると一見読めないファイル内容になるけれども、別に暗号化されているわけではないらしい

なのでエクスポートファイルも暗号化したい場合はProton Driveなどを使うと良いと思います。僕は構造を維持できるAny-Blockで一回はエクスポートしておき、普段は汎用性の高いMarkdown形式を使用しています。

• （他のアプリでも起こりえますが）いつの間にかデータが消えていることもあるので、やっぱりバックアップは必須
• バックアップや運用のことを考えると、チャンネル少なめにして色々まとめちゃうよりは、チャンネル気軽に増やしたほうがよさげ（元々、プロジェクトごとにチャンネル作るみたいな想定になっていると思うので）

あまりチャンネルを分けてホームにずらっと並ぶのが好きではないかったので、大きなジャンルで分けて、一つのチャンネル内にごちゃごちゃ詰め込んでいたら、データが消えたことに気づくのが遅れてしまいました。
幸いバックアップがあったので戻したところ、関係ないデータまで重複するし、そもそもバックアップもするたび容量が大きくなってしまうので、ある程度分けておくのは大切だなと。

• チャットやコメント機能はエクスポートもインポートも出来ないため、残しておきたいものはノートなどのオブジェクトに移しておいた方が良い

チャットからもオブジェクトを作成してポストできますが、チャットとは切り離されるため、そのポストを削除しても作成したオブジェクトは残るようです。